Puhastamine on arhiivikappide hooldamise põhietapp ja meetodid erinevad olenevalt materjalist. Metallist kartoteekappide puhul kasutage pinnatolmu eemaldamiseks pehmet kuiva lappi. Kui on plekke, niisutage pehmet lappi lahjendatud, nõrga, neutraalse pesuainega ja pühkige õrnalt; vältige happelisi, aluselisi või söövitavaid puhastusvahendeid, kuna need võivad viimistlust kahjustada. Pärast puhastamist pühkige niiskus kuiva lapiga ära, et vältida jääkvee põhjustatud roostetamist.
Puidust kartoteekappide puhastamine nõuab hoolikat tähelepanu niiskuse kontrollile. Tavaliseks puhastamiseks pühkige pind kergelt niiske pehme lapiga ja kuivatage see kohe kuiva lapiga. Vältige liigse niiskuse imbumist puitu, mis võib põhjustada kõverdumist või pragunemist. Spoonitud või lakitud puitkappide puhul ärge kasutage vaha-põhiseid poleerimisvahendeid, kuna need võivad jätta pinna kleepuvaks või kahjustada viimistlust.
Klaasustega kartoteekappide puhastamisel kasutage spetsiaalset klaasipuhastusvahendit ja vältige kõvade tööriistade kasutamist, mis võivad klaaspinda kriimustada. Käsitsege uksi avamisel ja sulgemisel õrnalt, et vältida klaasi purunemist löögi tõttu.